Mitte September 2016 informierte Thomas Ammann die Öffentlichkeit über eine Tumorerkrankung. Eine Diagnose, die für ihn und seine Familie sehr belastend sei und er zuerst verkraften müsse. Nach Absprache mit den Ärzten wolle er während der Therapie aber so viele Aufgaben und Verpflichtungen wie möglich wahrnehmen. Ammann ist seit 1997 Gemeindepräsident von Rüthi; seit 2000 gehörte er zudem dem St.Galler Kantonsrat an, wo er sich als Politiker für die Anliegen der Gemeinden und der ländlichen Regionen einsetzte. Im Amtsjahr 2008/09 stand er dem Rat als Präsident vor. Bei den Parlamentswahlen 2015 kandidierte Ammann für den Stände- und für den Nationalrat. Für die Wahl in den Ständerat reichte es nicht, hingegen wurde Ammann mit 22 239 Stimmen in den Nationalrat gewählt.